属熙河兰会路经制使司管辖，所辖城、寨、堡均为军事性质兼管民事，为以军辖民的建制，设震武军（在今永登县连城镇），亦由熙河兰会路经制使司管辖。南宋绍兴元年（公元1131年），女真族金国占领兰州，撤兰泉县入兰州，兰州辖定远县（今榆中县定远镇），龛谷县（今榆中县小康营）、阿干县（今七里河区阿干镇）。金正大三年（公元1226年），置金州，领龛谷、定远2县；州治龛谷县，金兰州、金州先后属临洗府、临洗路管辖。 [36] [41]

元太宗六年（公元1234年），蒙古占领兰州，沿袭金制，置兰州，领阿干县，设司候司；至元七年（公元1270年），阿干县、司候司入兰州，并废兰州堡、寨，龛谷、定远2县入兰州；元代兰州、金州属陕西行省，废卓啰和南监军司，置庄浪州（治今永登县），属甘肃行省。

明太祖洪武二年（公元1369年），徐达率军攻取兰州，降兰州为兰县、金州为金县，属陕西布政使司临洮府。洪武三年（公元1370年），置陕西都司兰州卫，指挥使驻兰县。洪武五年（1372年），改庄浪州为庄浪卫，属陕西行都司。明宪宗成化十三年（公元1479年），升兰县为兰州，兰州辖区包括今城关、七里河、安宁、西固四区和皋兰县及景泰县部分地区。明代降金州为金县时，治所自龛谷移至今榆中县城。建文元年（公元1399年），肃王由甘州（今张掖市）移驻兰县，建肃王府（今省政府驻地），其护卫队甘州中护卫亦移兰州，但卫名未改。